PyConFr 2015

La chimie théorique est une discipline faisant appel à de nombreuses compétences qui vont au delà de la chimie-physique telles que le calcul haute performance et la programmation. La forte progression des moyens de calcul a pour conséquence l'augmentation croissante de la quantité de données à traiter pour aboutir à des résultats et tirer des conclusions scientifiques. De ce fait, il est nécessaires de maîtriser un panel de techniques permettant de traiter efficacement ces données.

Dans cette optique, python est un outil intéressant du fait de sa simplicité à la fois pour l’apprentissage et l'utilisation en vue de pré ou post traitements de données. De plus, de nombreuses bibliothèques scientifiques telles que numpy, scipy ou matplotlib, pour les plus générales, simplifient grandement les taches de base (lecture des données, interpolation, représentation graphique ...) et permettent de les automatiser. Par ailleurs, l'utilisation de la version notebook d'ipython permet de regrouper le traitement des données, leur visualisation et la rédaction des conclusions et peut s'apparenter à un cahier de laboratoire numérique interactif.

Cette conférence présentera un cas concret d'utilisation d'un notebook ipython pour la construction d'un graphique à partir des résultats de plusieurs simulations numériques. Au travers de la réalisation de ce graphique, les paquets Pymatgen, matplotlib et plotly seront rapidement présentés. Pymatgen est particulièrement adapté à l'étude des matériaux et interfacé avec de nombreux codes de simulation numérique en chimie et physique, tandis que plotly est une surcouche de matplotlib permettant de construire des graphiques interactifs, facilement intégrable sur une page html et permettant un travail collaboratif.